1、人事制度管理制度不同
对于参公事业单位和一般事业单位来说，两者都属于事业单位编制，但是实行不同的人事制度，前者实行公务员制度，后者实行事业单位人事管理制度。
公务员制度和事业单位人事管理制度在招录、晋升、薪酬、退休、养老等诸多人事管理方面都存在不同，如招录制度，参公事业单位和行政机关人员招录必须遵守《公务员录用规定》等法律法规的规定，而事业单位工作人员的招聘必须按照事业单位公开招聘的一系列规定执行。
2、享有的资源方面存在不同
参公事业单位与一般事业单位在享有的资源方面存在不同，主要表现为两个方面：第一，通过参公管理身份的确立，能够增强参公事业单位工作开展的权威性和公信力；第二，参公管理的身份保障了参公事业单位工作人员类同公务员的福利待遇。
例如，参公人员基本可以无障碍地在事业单位与国家机关之间进行交流，从而有较大职业发展空间。
因此，绝大多数事业单位都非常希望纳入参公管理。
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